Werner Rothmaler war deutscher Botaniker, Leiter des Instituts für Agrarbiologie der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald sowie Autor und Herausgeber von mehr als 190 Schriften. Seine erste Publikation veröffentlichte er mit 17 Jahren über die Gattung Ragwurz (Ophrys) (1925). Es erschienen später das Lehrbuch „Allgemeine Taxonomie und Chorologie der Pflanzen“ (1950) sowie Exkursionsflora (seit 1952) und Monographie zur Gattung Antirrhinum. Später wurde Rothmaler Redakteur und Präsident des künftigen Urania-Verlags, bei dem er für die Ausarbeitung von Lehrbüchern für den Biologieunterricht mitgewirkt hat. Im Jahr 1964 konnte Rothmaler seine Mitarbeit an der „Flora Europaea“ verzeichnen.

Am 20. August 1908 wurde Werner Walter Hugo Paul Rothmaler in Sangerhausen geboren. Bereits während seiner Schulzeit auf dem Gymnasium Wismar beschäftigte er sich mit der Botanik, was ihn veranlasste die Schule ohne Abitur zu beenden.

Nach einer erfolgreich absolvierten Gärtnerlehre im Jahre 1927, wurde Rothmaler als Werkstudent in Jena bei den Botanikern Theodor Herzog, Otto Renner und Erwin Brünner eingestellt.

1933 ermöglichte Ludwig Diehls, Direktor des Botanischen Museums und Botanischen Gartens in Berlin-Dahlem, eine Sammelexpedition in Spanien . Der Aufenthalt in Spanien und Portugal wurde von 1936 bis 1940 ausgedehnt und vom spanischen Bürgerkrieg begleitet, der auch Grund für die Wiederkehr nach Deutschland war. Er selbst wurde zum Zweiten Weltkrieg wegen Tuberkulose nicht in den Wehrdienst eingezogen. Dies ermöglichte ihm den Fokus auf seine Studien zu richten.

1942 konnte Werner Rothmaler trotz fehlender Reifeprüfung die Promotionsarbeit „Vegetationsstudien im südwestlichen Portugal“ und fünf Jahre später seine Habilitation in Halle über die Gattung Lachemilla beginnen.

1953 wurde er als Professor für Systematische Botanik und Agrarbiologie an die Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald berufen. Im selbigen Jahr gründete er den noch heute bestehenden Wissenschaftlichen Studentenzirkel „Jean Baptiste de Lamarck“ an der Greifswalder Universität. Anschließend wurde er zum Geschäftsführenden Leiter des Instituts für Agrarbiologie ernannt.

Werner Rothmaler starb 1962 in Leipzig.